Destylarnia Strathisla została założona i zalegalizowana przez George Taylora w 1786 roku w miejscowości Keith, około 17 kilometrów na północny wschód od Dufftown. Początkowo było to przedsięwzięcie typowo gospodarcze, tzn. w sezonie zimowym, kiedy nie było żadnych prac polowych (szkocka zima bywa sroga i zimna) wykorzystywano nadmiar zbiorów jęczmiennych do produkcji whisky na terenie farmy. W owym czasie destylarnia nazywała się Milltown, na cześć miejscowego dziedzica.
Taylor oprócz prowadzenia legalnej produkcji, posiadał także drugą, której postanowił nie rejestrować. W konsekwencji otrzymał za to ogromną grzywnę, (jak na tamte czasy) wynoszącą aż 500 funtów. Nie ona była jednak powodem wycofania się George z gorzelniczego interesu. W latach dwudziestych XX wieku, podczas jazdy konnej, uległ on nieszczęśliwemu wypadkowi, który uniemożliwił mu prowadzenie dalszej działalności.
W 1828 roku nowym właścicielem stał się Williama Longmore. William był osobą niezwykle zaangażowaną w rozwój kolejnictwa w północnej Szkocji. Między innymi dzięki jego staraniom do Keith doprowadzono linię kolejową, co nie pozostało bez wpływu na możliwość eksportu whisky poza region i zdobywania przez nią nowych rynków i nowych wielbicieli.
W 1876 w destylarni wybuchł pożar, który strawił dużą część budynków, a w 1879 doszło do kolejnego nieszczęścia — zapłonowi uległy znajdujące się w piwnicach beczki z destylatem. Gorzelnię postanowione jednak wyremontować, w dodatku dobudowując do niej rozlewnię. Powstałe w tym czasie budynki z charakterystycznego kamiennego muru, z dwoma pagodami suszarni słodu i kołem młyńskim, które zachowały się po dziś dzień i stanowią prawdziwą wizytówkę Strathisly.
W latach 1870 – 1890 zakład zmienił nazwę na Strathisla. W 1890 wrócił jednak z powrotem do pierwotnej nazwy.
Przed wybuchem II wojny światowej, kiedy to whisky słodowa traktowana była wyłącznie jako surowiec do sporządzania blendów, istniejąca do dzisiaj niezależna firma dystrybucyjna whisky Gordon & MacPhail uzyskała prawo do butelkowania i rozprowadzania ograniczonych ilości whisky Strathisla w postaci single malt pod nazwą Strathisla-Glenlivet. Użycie członu Glenlivet, jak w wielu innych podobnych przypadkach, miało być gwarancją najwyższej jakości oferowanego trunku.
Po wybuchu II wojny światowej spółka Longmore & Co. znalazła się w rękach Jay’a Pomeroy’a, finansisty z Londynu. Nowy właściciel zerwał umowy z dotychczasowymi odbiorcami produktów zakładu i postanowił wysyłać swoją whisky do Londynu. Pomeroy nie był uczciwym producentem. Okazało się, że w rzeczywistości sprzedaje on whisky pod różnymi nazwami na czarnym rynku. Agenci podatkowi przeprowadzili dochodzenie w tej sprawie i za oszustwa podatkowe nałożyli na Pomeroy’a grzywnę w wysokości 111 tysięcy funtów, co doprowadziło do ogłoszenia przez gorzelnię bankructwa.
W 1950 roku gorzelnia trafiła na aukcję, na której młotek licytatora przybił sumę 71 tys. funtów. Szczęśliwym nabywcą został słynny producent blended whisky, spółka Chivas Bros, która rok wcześniej przejęta została przez kanadyjski koncern Seagram. Nowi właściciele postanowili ponownie zmienić nazwę zakładu (tym razem już ostatecznie) na Strathisla.
W 1965 roku w Strathisla podwojono liczbę kotłów destylacyjnych (z dwóch do czterech) ,osiągając moc produkcyjną na poziomie 2,4 miliona litrów rocznie. W 1995 roku wyremontowano Visitor Center.
Od 2001 roku destylarnia stała się częścią grupy Pernord Ricard.
Destylat produkowany w tym zakładzie wykorzystywany jest głównie jako serce blendów Chivas Regal. Grupa Pernord nie planuje akcji promocyjnych tutejszej whisky w formie single malt, która na rynku najczęściej spotykana jest w wersji 12-letniej.
Nazwa Strathisla to wyraz złożony z dwóch słów: “strath” – dolina oraz “Isla” – nazwa przepływającej opodal rzeki.
Strathisla jest najdłużej oficjalnie działającej destylarnią w Szkocji.
