Zakłady Scapa zbudowane zostały w 1885 roku w miejscowości Kirkwall, największej wyspie w archipelagu Orkadów – Pomona. Ich założycielami byli panowie MacFarlane oraz Townsend, który miał wcześniejsze doświadczenie w produkcji whisky w Speyside. Ciekawostkę stanowi fakt, że w chwili obecnej nadal używane są magazyny celne, wybudowane w tamtych czasach.
Od początku swojej działalności gorzelnia Scapa znana była ze stosowania najnowocześniejszych rozwiązań technicznych dostępnych na owe czasy, które zapewniały wysoką jakość destylatu, dzięki czemu cieszył się on dużą popularnością. Wychodząc naprzeciw rosnącemu zapotrzebowanie swoich klientów, z upływem lat, zakład kilkukrotnie rozbudowywano.
W pierwszej połowie XX wieku spółka parokrotnie zmieniała właścicieli. W roku 1956 destylarnię wykupiła kanadyjska firma Hirama Walkera. Wkrótce po tym przejęciu w 1959 roku, dokonano znacznych inwestycji. Powstało wtedy między innymi większość nowych budynków destylarni, które użytkowane są po dziś dzień.
Kolejnym znaczącym etapem w dziejach destylarni był 1994 rok. Od tego roku, przez dekadę Scapa była tzw. destylarnią „uśpioną”, tj. zachowano licencję na produkcję alkoholu, jednak samą destylarnię zamknięto na czas nieokreślony. Co ciekawe o dobry stan techniczny wszystkich urządzeń dbali m.in. pracownicy położonej nieco ponad kilometr dalej destylarni Highland Park, którzy dokonywali tutaj destylacji zaledwie przez kilka tygodni w roku.
W 2004 roku Scapa wznowiła destylację, a zarząd Allied Domecq, który stał się jej prawnym właścicielem po fuzji Hiram Walker z Allied-Lyons, dokonał w niej generalnego remontu. Rok później postanowiono jednak odsprzedać zakład spółce Chivas Bros, należącej do koncernu Pernord Ricard. Obecnie destylat Scapa jest jednym z podstawowych składników blendów Ballantines’a.
Cechą charakterystyczną single maltów Scapa jest lekko torfowy charakter whisky, mimo że gorzelnie nie stosuje tego surowca podczas słodowania. Smak ten pochodzi wyłącznie z wody użytej w procesie produkcyjnym, która czerpana jest ze strumienia Lingo, przepływającego przez okoliczne torfowiska.
Sama nazwa zakładu Scapa pochodzi od nazwy cieśniny Scapa Flow, która łączy Atlantyk z Morzem Północnym. Cieśnina ta była miejscem wielkie porażki floty niemieckiej pod koniec pierwszej wojny światowej.
