Początki destylarni Lagavulin sięgają roku 1742, kiedy to na terenie dzisiejszych zakładów działało dziesięć drobnych nielegalnych destylarni. Ich właścicielami byli farmerzy i rybacy z wyspy, którzy w ten sposób spędzali zimowe wieczory. W 1787 postanowili oni połączyć swoje siły, tworząc pierwsze zalążki zakładu.
Oficjalne otwarcie firmy Lagavulin datuje się na roku 1816, a za jej pierwszego właściciela uznawany jest John Johnston. W 1825 roku rodzina Johnostonów przejęła zakład Ardmore, który znajdował się na tej samem posesji, co gorzelnia Lagavulin.
John Johnston zmarł w 1836 roku, a nowym właścicielem został Alexander Graham, kupiec whisky z Glasgow. Rok później zarejestrował on spółkę zarządzającą, a także połączył obie destylarnie w jedną (Ardmore i Lagavulin). Graham, wraz ze swoim synem Johnem, który przejął stery w 1852 roku, wprowadzili wiele udoskonaleń do procesu produkcji, zachowując jednak przy tym wcześniejszy charakter whisky pochodzącej z tej gorzelni. Warto również wspomnieć, że od roku 1847, rodzina Grahamów zarządzała także gorzelnią Laphroaig, po tym jak Donald Johnston, jej właściciel, zginął w nieszczęśliwym wypadku.
W 1862 rok destylarnię przejął James Logan Mackie, który wkrótce dokonał w niej gruntownej modernizacji. W 1875 roku moc produkcyjna Lagavulin wynosiła ponad 300 tysięcy litrów whisky rocznie.
W 1889, po śmierci swojego wujka, nowym właścicielem zakładu został Petera Mackie, zwany „Niespokojnym Piotrem”. Rok później zarejestrował on spółkę Mackie & Co., a także stworzył markę blended whisky White Horse. Mackie przysłużył się wyspie Islay także tym, że zapewnił jej pierwsze regularne połączenie ze stałym lądem, za pomocą małego parowca (nazwanego SS Pibroch).
Na początku XX wieku, firma popadła w konflikt z właścicielami destylarni Laphroaig. W sądzie odbyło się kilka spraw, między innymi o zerwanie niekorzystnej umowy dzierżawy, a także zablokowania przez Petera Mackie źródła wody sąsiedniej gorzelni. Ostatecznie współpraca między tymi dwiema firmami zakończyła się w 1907 roku.
Peter Mackie nie chciał dać jednak za wygraną. Zaledwie rok później wyremontował kilka starych budynków stojących na dwuhektarowej posesji i wyposażył je w alembiki identyczne kształtem jak te w Laphroaigu, co miało pozwolić na produkcję whisky o podobnym profilu, jak whisky sąsiadów. Nowy zakład nazwano Malt Mill. Mimo zastosowania identycznego procesu produkcji (zatrudniono do tego nawet byłego pracownika Laphroaig), kopia odbiegała od oryginału. Nowego zakładu jednak nie zamknięto i destylował on whisky aż do 1962 roku, kiedy to jego miejsce pochłonęła rozbudowa Lagavulina.
Sir Peter Mackie zmarł bezdzietnie w 1924 roku. Po jego śmierci spółka zmieniła nazwę na White Horse Distillers Ltd, a trzy lata później, w roku 1927 wstąpiła w szeregi Distiller Company Ltd (obecnie Diageo). Pod rządami nowych właścicieli zakład był kilkakrotnie modernizowany i rozbudowywany (ostatnio w 1996 roku).
Obecnie zakład posiada cztery alembiki i utrzymuje produkcję na maksymalnym poziomie 2,7 milinów litrów rocznie. Prawie całość wykorzystana jest przy tworzeniu wersji single malt.
Whisky Lagavulin charakteryzuje smak i aromat pokładów torfu, wodorostów i doskonale czystej wody z jezior zasilanych przez strumienie, używanej do produkcji. Najczęściej spotykana na rynku whisky Lagavulin jest 16-letnia wersją single malt, która wchodzi w skład serii Classic Malts, będąc jednocześnie jej najlepiej sprzedającym się trunkiem.
Nazwa zakładu (wywodząca się z gaelickiego „laggan mhoullin”) oznacza „młyn w małej dolinie” i ma związek z umiejscowieniem gorzelni na brzegu małej zatoki, która także nosi nazwę Lagavulin.
