Destylarnia Glenkinchie została założona w 1825 roku przez lokalnych farmerów Johna i Georga Ratesów pod nazwą Milton. Ze względu na zbieżność nazwy z bardziej znaną gorzelnią znajdującą się w Speyside została ona jednak zmieniona już w 1837 roku. Jej nowa odmiana znana aż po dzień dzisiejszy odwoływała się do pobliskiej rzeczki Kinchie.
W 1853 roku 85-arkrowa farma na której stoją budynki destylarni zmieniła właściela, którym został niejaki Christie. Christie zainteresowany był jednak bardziej hodowlą bydła niż produkcją whisky. Pod jego rządami także część zabudowań gorzelni została przeznaczona na pod budowę nowego tartaku.
Pod koniec XIX wieku destylarnia Glenkinchie została wykupiona przez kilka firm z Edynburga i wraz z ożywieniem na rynku whisky zaczęła się ponownie rozwijać. Kolejne dekady również przyniosły wiele zmian własnościowych, m.in. w 1914 roku gorzelnia Glenkinchie połączyła się z innymi zakładami w Lowlands tworząc Scottish Malt Distillers. Ciekawostką jest fakt, że Glenkinchie była jednym z niewielu zakładów destylacyjnych, które kontynuowały produkcję także podczas trwania drugiej wojny światowej.
Przełomowym momentem w dziejach Glenkinchie był rok 1989, w którym to na rynku ukazała się 10-letnia wersja single malta, która weszła w skład intensywnie promowanej przez United Distillers serii Classic Malts of Scotland. Przed tym wydarzeniem praktycznie całość destylatów używana była do zestawienia blendów firmy John Haig & Co., a sama marka Glenkinchie była mało znana.
Warto dodać, że Glenkinchie, w odróżnieniu od reszty gorzelni z Lowlands, nigdy nie stosował metody potrójnej destylacji, pozostając przy tradycyjnej parze alembików.