Destylarnia Glenglassaugh została założona w 1874 roku przez miejscowego biznesmena Jamesa Moira i jego dwóch bratanków, Alexandra i Williama Morrisonów, w pobliżu małego miasteczka Portsoy na obrzeżach regionu Speyside w północno-wschodniej Szkocji. Miejsce to zostało pierwotnie wybrane ze względu na bliskość źródła czystej wody (Glassaugh Springs) oraz łatwy dostęp do pobliskich pól jęczmienia.
W 1892 roku, po śmierci Jamesa Moira i Williama Morrisona, po 18-stu latach funkcjonowania destylarni, Alexander Morrison został zmuszony do jej odsprzedaży. Nowym właścicielem została grupa Highland Distillers Co. Niestety ze względu na załamanie się rynku whisky na przełomie wieku, destylarnia Glenglassaugh musiała zostać zamknięta już w 1907 roku. Przerwa w produkcji trwała do 1931 roku. Działalność zakładu wznowiono jednak tylko na okres 5 lat.
Sukcesywny wzrost rynku szkockiej whisky po drugiej wojnie światowej spowodował, że w latach 1957-1959 w gorzelni przeprowadzono generalny remont połączony z jej rozbudową, a samą destylarnię otwarto ponownie w 1960 roku. W tym czasie whisky Glenglassaugh była przede wszystkim półproduktem do zestawiania blendów, takich jak Famous Grouse i Cutty Sark. Ze względu jednak na specyficzny charakter oraz trudności w łączeniu jej z innymi destylatami, whisky ta nie cieszyła się zbyt dużą popularnością wśród blenderów, co doprowadziło ostatecznie do ponownego zamknięcia zakładu w 1986 roku. Postanowiono jednak zachować licencję, a dzięki sporadycznie przeprowadzonej destylacji, zakład cały czas pozostawał w pełnej gotowości.
Lepsze czasy dla destylarni nastały dopiero w nowym tysiącleciu. W 2008 roku rosyjska spółka The Scaent Group odkupiła za kwotę 5 milionów funtów destylarnię oraz jej leżakujące zapasy sprzed 1986 roku, które w krótkim czasie zaczęła sprzedawać na rynku towarów ekskluzywnych. Nowi właściciele zadbali także o remont destylarni oraz stosunkowo szybkie wznowienie produkcji, a w 2012 roku otworzyli również Visitor Center.
Sukces na międzynarodowym rynku, spowodował, że już w 2013 roku marka Glenglassaugh ponownie zmienił właściciela, stając się trzecim członkiem rodziny BenRiach Distillery Co. Nie była to jednak ostatnia zmiana akcjonariatu, bo już zaledwie 3 lata później, w 2016 roku, wraz z markami BenRiach i GlenDronach stała się częścią wielkiego amerykańskiego koncernu Brown-Forman.
Ze względu na długą przerwę w produkcji na rynku dostępne są głównie stosunkowe młode whisky, wśród których prym wiodą lekko torfowe destylaty (Glenglassaugh Torfa).
Destylarnia posiada jedną parę alembików o rocznej mocy produkcyjnej wynoszącej około jednego miliona litrów rocznie.
Nazwa Glenglassaugh pochodzi od słów glen, anglicyzowanego gaelickie słowa gleann oznaczające, dolinę rzeki w górach lub na wzgórzach oraz Glasach.
