Destylarnia Glenfarclas została oficjalnie zarejestrowana w roku 1836, przez Roberta Haya w miejscowości Ballindalloch, u podnóża góry Ben Rinnes. Nazwa zakładu oznacza „dolina zielonych traw” i odnosi się do malowniczej okolicy, jaka otacza zakład.
W 1865 roku po śmierci Hay-a, za kwotę 512 funtów gorzelnię odkupił jego sąsiad John Grant (niespokrewniony z założycielem Glenfiddicha, Wiliamem Grantem). Początkowo Grant powierzył zarządzanie firmą doświadczonemu gorzelnikowi – Johnowi Smithowi. Smith jednak wkrótce kupił własną destylarnię (Cragganmore) i od tej pory rodzina Grantów sama prowadziła Glenfarclas (początkowo destylowano około 225 tysięcy litrów whisky na rok).
Z biegiem czasu Glenfarclas zaczęła zdobywać coraz większą sławę i uznanie miłośników whisky. Pojawiła się nawet na królewskim stole Jerzego V, który zabierał syna Johna Granta – George’a na polowania w lasach koło zamku Balmoral.
W 1889 roku zmarł John Grant, a rok później także wspomniany wyżej George, który pozostawił farmę oraz prowadzenie destylarni swoim dwóm synom Johnowi i Georgowi. Nowi właściciele postanowili zjednoczyć siły z rodziną Pattison z Leith i w 1895 roku powstała nowa firma Glenfarclas-Glenlivet Distillery Ltd. Dzięki uzyskanemu w ten sposób kapitałowi budynki zakładu przeszły gruntowną renowację (m.in. podniesiono moc produkcyjną do 1,3 mln litrów alkoholu rocznie).
W 1898 roku firma Pattison ogłosiła upadłość, co mocno wstrząsnęło całym przemysłem szkockiej whisky. Destylarnia Glenfarclas stanęła na krawędzi bankructwa. Braciom Grant udało się jednak opanować sytuacją, a w kolejnych latach także przejąć ponownie pełną kontrolę nad gorzelnią. Od tego momentu zakład pozostaje w rękach spadkobierców rodziny Grantów do dnia dzisiejszego.
W roku 1900 postanowiono zmienić nazwę firmy z powrotem na J.&G. Grant. Również filozofia Johna Granta, założyciela i twórcy potęgi tej marki, odnosząca się do produkcji whisky, a wyrażona słowami, iż „whisky słodowej się nie udoskonala, ją się pielęgnuje” cytowana i stosowana jest do dziś w odniesieniu do każdej porcji zacieru nalewanej do alembików.
W maju 1912 roku Timmy Dewar, rywal w branży gorzelniczej, napisał do rodziny Grant następujące słowa: „Spośród wszystkich whisky, malt whisky jest królem, a pośród wszystkich tych królów, whisky Glenfarclas króluje”.
W roku 1960 destylarnia podwoiła moce produkcyjne zwiększając ilość alembików z 2 (jedna para) do 4 (dwie pary do podwójnej destylacji). W 1968 pionierska wersja whisky typu cask strength Glenfarclas 105 (60% ABV) trafiła do „Księgi rekordów Guinnessa”, jako najmocniejsza oficjalna wersja whisky.
W 1972 roku zakład zaprzestał słodowania jęczmienia we własnym zakresie i podobnie jak to czyni obecnie większość gorzelni, zaczął sprowadzać słód z wyspecjalizowanych słodowni. Pagoda, która odprowadzała na zewnątrz dym ze słodowni, została wykorzystana do ozdobienia powstałego w 1973 roku budynku Visitor Center i do dnia dzisiejszego góruje nad wejściem do tego budynku.
W 1976 roku, zwiększono ilość alembików z 4 do 6. Od tego czasu wyposażenie destylarni było niejednokrotnie modernizowane, wymieniane i rozbudowywane, jednak zawsze dokładano wszelkich starań by zachować ich oryginalny kształt i wygląd. Alembiki stosowane w Glenfarclas należą do największych w Speyside. Zakład wyposażony jest także w ogromną kadź zacierną (mash tun) o średnicy dziesięciu metrów. Ta olbrzymia kadź jest w stanie pomieścić 16,5 tony zmielonego ziarna na raz. Dzieli ona jeden duży budynek, zbudowany w 1975 roku, wespół z dwunastoma kadziami fermentacyjnymi (washbacks). Są one również pokaźnych rozmiarów. Każda z nich może pomieścić 45.000 litrów i jest wykonana z pomalowanej na szaro stali nierdzewnej i przykryta drewnianą pokrywą.
Mimo swego położenia niemal nad samym brzegiem Spey, woda do produkcji whisky w Glenfarclas pobierana jest nie z samej rzeki (co zresztą zdarza się już coraz rzadziej), lecz ze strumienia biorącego swój początek w górnej części szczytu Benrinnes. Po drodze ze źródeł do ujęcia, wody tego strumienia przepływają przez wrzosy i torf, którymi pokryte są zbocza Benrinnes, by wreszcie trafić do kadzi zaciernych w destylarni.
Destylaty Glenfarclas dojrzewają większości w beczkach po sherry, nowych lub starych. Najpopularniejsza jest wersja 10-letnia. W 2006 roku destylarnia wypuściła pierwszą partię Glenfarclas w serii „Family Casks”, będącą unikalną kolekcją 43 wersji Single Cask whisky, po jednej wersji z każdego roku, począwszy od roku 1952 a skończywszy na roku 1994.
