Destylarnia Cragganmore założona została w 1869 przez jednego z najbardziej doświadczonym gorzelników tamtych czasów Johna Smitha (w latach 1851 -1869 pracował on między innymi w takich zakładach jak Macallan, Glenlivet, Glenfarclas i Wishaw). Budynki zakładu postawiono w pobliżu nowo wybudowanej linii kolejowej Strathspey, niecałe 4 kilometry na zachód od wioski Ballindalloch.
John Smith znany był ze swojego zamiłowania do kolei. Z tego względu, aby lepiej wykorzystać logistyczny potencjał linii Strahspey, zlecił budowę bocznicy łączącej stację Ballindalloch z destylarnią. Obecnie Cragganmore szczyci się tym, iż to właśnie stąd wytoczył się pierwszy wyładowany szkocką whisky pociąg.
W 1886 roku po śmierci Johna stery przejął jego najmłodszy syn Gordon, który na przełomie XIX i XX wieku znacznie rozbudował zakład. W kolejnych dekadach nie udało się jednak utrzymać firmy w rękach rodziny przez co kilkukrotnie zmieniała ona swoich właścicieli, a większość destylatów była używana przy zestawianiu blendów.
Pierwszy oficjalne “malty” z Cragganmore pojawiły się na rynku dopiero w latach 80. W roku 1988 Cragganmore 12 yo została włączona przez United Distillers do kolekcji sześciu Classic Malts of Scotland jako reprezentantka regionu Speyside.
Ciekawostką destylarni Cragganmore są bardzo nietypowe alembiki używane podczas drugiej destylacji whisky, które są stosunkowo niskie oraz posiadają płaski szczyt, co ma znaczący wpływ na końcowy smak i zapach produktu.
Nazwa gorzelni pochodzi od wzgórza Craggan More (w języku gaelickim – “duża skała”), z którego pozyskano łupki potrzebne do budowy destylarni, a także gdzie swoje źródła ma wykorzystywana przy produkcji woda.
Obecnie destylarni należy do koncernu Diageo i wykorzystywana jest do zestawienia wielu znanych blendów, jak np. JW Black Label.