Destylarnia Auchentoshan, która początkowo nosiła nazwę Duntocher (nazwa przejęta od nazwy pobliskiej wsi), została założona około roku 1817 przez Johna Bullocha w maleńkiej miejscowości Dalmuir, na północny-zachód od Glasgow na przedmieściach Clydebank.
W 1822 roku właścicielem gorzelni został Archibald Bulloch, syn Johna Bullocha. Rok później destylarnia uzyskała oficjalną licencję na produkcję whisky. Jednak już w 1826 roku Archibald był zmuszony do ogłoszenia bankructwa i sprzedaży firmy. Nowymi właścicielami zostali panowie John Hart i Alexander Filshie, którzy w 1834 roku zmienili nazwę z Duntocher Distillery na Auchintoshan Distillery.
W 1845 roku do grona wspólników dołączył James Filshie. James i Alexander Filshie wykorzystali boom na rynku whisky i w roku 1875 dokonali rozbudowy i modernizacji gorzelni. Trzy lata później, w 1878 roku destylarnię przejęła firma CH Curtis & Co. zajmująca się handlem whisky.
XX wiek przyniósł kolejne zmiany właścicielskie. W 1900 gorzelnie przejęła firma Alexander Ferguson & Co Ltd., by już trzy lata później odsprzedać ją firmie George & John McLachlan Ltd.
W marcu 1941 roku, w czasie II wojny światowej, podczas intensywnego bombardowania ujścia rzeki Clyde, gdzie znajdowało się największe w Wielkiej Brytanii skupisko przemysłu, w tym głównie portów i stoczni, dość dotkliwie ucierpiała również destylarnia Auchentoshan, a dokładniej pełne beczek magazyny 1,2 i 3.
Po wojnie gorzelnię odbudowano, a produkcja została ponownie wznowiona w lutym 1948 roku. W tym czasie doszło także do kosmetycznej zmiany nazwy z Auchintoshan na Auchentoshan. Na początku 1960 roku właścicielem destylarni została piwowarska firma J&R Tennent Ltd., która w 1964 roku została przejęta przez firmę Charingtons. Ta ostatnia w 1967 dokonała natomiast fuzji z firmą Bass Charington.
W 1970 zakład przejął Eddie Cairns, który mocno odmienił losy destylarni. Pod jego rządami Auchentoshan stał się pierwszym butelkowanym single maltem z regionu Lowlands oraz jako jedyna whisky tam produkowana była poddawana potrójnej destylacji, co dało efekt w postaci bardzo delikatnego smaku i pełnego kwiatowego aromatu. Te czynniki pozwoliły w kolejnych dekadach odnieść gorzelni rynkowy sukces. Ponadto w 1974 roku za sprawą Cairnsa zakład przeszedł gruntowną modernizację.
W 1984 roku destylarnia została przejęta przez spółkę Stanley P. Morrison & Co, która później została przekształcona w Morrison Bowmore Distillers Ltd. W 1994 roku Morrison Bowmore Distillers Ltd. wraz z trzema podległymi gorzelniami (Bowmore z Islay, Auchentoshan z Lowlands i Glen Garioch z Highlands) został wykupiony w całości i wszedł w skład japońskiego koncernu Suntory. Od momentu nabycia przez Suntory zakład został gruntownie odnowiony i zmodernizowany, zachował jednak tradycyjne metody produkcji, w tym unikalny potrójny proces destylacji.
Ciekawostkę stanowi fakt, że destylarnia Auchentoshan pomimo położenia nad rzeką Clyde wodę do produkcji swojej whisky pobiera ze źródła Loch Katrine, oddalonego od gorzelni o 35 km na północ, czyli już w regionie Highlands. Ponadto woda do chłodzenia i kondensacji pochodzi z małego zbiornika na terenie destylarni, który utworzono ze starego krateru… po bombie.
Słowa “auchentoshan” najprawdopodobniej pochodzi od gaelickiego “achad oisin” i oznacza mniej więcej “narożnik pola”.
