Destylarnia Bunnahabhain jest jedną z najmłodszych destylarni na Islay. Została wybudowana w 1881 roku przez braci Greenless, farmerów szukających możliwości zwiększenia dochodów z produkowanego przez nich jęczmienia. Na lokalizację gorzelni wybrali zupełne pustkowie, na północno-wschodnim wybrzeżu wyspy, co znacznie zwiększyło koszt całego przedsięwzięcia. Dodatkowego kapitału wymagała, chociażby budowa przystani, drogi dojazdowej, czy kwater dla pracowników. Cała inwestycja pochłonęła około 30 tysięcy funtów.
Budowa destylarni napotykała także inne trudności wynikające z tego dość nietypowego położenia. Cały sprzęt i materiały do budowy zakładów trzeba było przywieźć drogą morską, a brak przystani portowej z prawdziwego zdarzenia bardzo utrudniał wyładunek. Należy pamiętać, że klimat na Islay jest bardzo surowy, a otaczające wyspę morze rzadko bywa spokojne. W efekcie pewnego szczególnie groźnego sztormu zniszczeniu uległy na wpół ukończone budynki, a dwa statki z materiałami budowlanymi i sprzętem uległy zatopieniu. Budowę ostatecznie ukończono dopiero po dwóch latach.
Bracia Greenless wiedzieli jednak jakie znaczenie w produkcji whisky ma woda, a wybrana lokalizacja zakładu dawała dostęp do źródła o bardzo wysokiej jakości. Dzięki temu oraz pracy utalentowanego menadżera o nazwisku Smith, destylarnia już po pół roku działalności przyniosła zysk w wysokości 5 tysięcy funtów, który został podwojony rok później.
W roku 1887 destylarnia Bunnahabhain połączyła się z Glen Rothes ze Speyside tworząc tym samym spółkę Highland Distillers.
W 1963 wraz z dynamicznym rozwojem rynku podwojono liczbę alembików do czterech (dwie pary), a także usunięto tradycyjny malting floor.
Bunnahabhain, zgodnie z założeniami braci Greenless, od samego początku wykorzystywana była do sporządzania blendów. Przez lata służyła do zestawiania m.in. takich marek jak Famous Grouse i J&B Rare.
Wraz z nadejściem kryzysu na rynku zakłady destylacyjne Bunnahabhain zostały tymczasowe zamknięte w latach 1982-1984, a po ich ponownym wznowieniu produkcja odbywała się na bardzo niskim poziomie. Pomimo to pod koniec lat osiemdziesiątych na rynku zadebiutowała oficjalna wersja 12-lestniego single malta.
W 1999 roku Highland Distillers zostało częścią grupy Edringnton. Nietypowy dla regionu Islay produkt nie cieszył się jednak dużym zainteresowaniem nowych właścicieli, którzy podjęli decyzję o wytwarzaniu whisky Bunnahabhain zaledwie kilka tygodni w roku.
W 2003 roku zakłady Bunnahabhain wraz zapasami dojrzewającej whisky zostały sprzedane za kwotę 10 milionów funtów Burnowi Stewartowi reprezentującego grupę CL Financial. Stewart rozwinął markę i w ciągu kolejnych lat doprowadził do istotnej renowacji gorzelni.
W 2013 roku Bunnahabhain zostało przejęte przez grupę Distell, która w kolejnych latach zainwestowała miliony funtów w dalszą modernizację zakładu.
Bunnahabhain jest najłagodniejszym ze wszystkich maltów pochodzących z Islay. Na łagodność tego trunku wpływa fakt, że wykorzystywany do produkcji słód w znacznej większości nie jest torfowany, a ponadto ujęcie wody dla zakładu położone jest na wzgórzu, przed pokładami torfu przez które później przepływa strumień.
Bunnahabhain sprzedawana jest w charakterystycznej, pękatej butelce z ciemnozielonego szkła, a na etykiecie widnieje rysunek przedstawiający marynarza spieszącego do domu na Islay, oraz tytuł popularnej pieśni ludowej “Westering Home”, której pełny tekst znajdziemy na tylnej ściance pudełka, w które pakowana jest butelka.
Nazwa Bunnahabhain (wymowa „bunahaven”) i oznacza „ujście strumienia”. Co ciekawe, destylarnia Bunnahabhain dała początek miejscowości o tej samej nazwie (zwykle bywa odwrotnie), która zaczęła powstawać wokół zakładu.
