Zakład Bowmore powstał w 1779 roku, w miejscowości o tej samej nazwie, co czyni go najstarszym zakładem na wyspie Islay. Oficjalnym założycielem gorzelni był David Simpson – miejscowy kupiec, rolnik, listonosz i żeglarz w jednej osobie, który w jednym z budynków gospodarczych na swojej posesji, znajdującej się nad brzegiem zatoki Loch Indaal, zamontował aparaturę destylacyjną, z której to pomocą nielegalnie produkował whisky.
Według niektórych źródeł Simpson działał jako agent rodziny Cambellów, której rezydencja o nazwie „Islay House” (początkowo znanej jako „Kilarrow Hous” – od pobliskiej wsi Kilarrow) znajdowała się na wyspie Islay.
W roku 1816 właścicielem gorzelni został spokrewniony z Davidem – John Simpson, który w tym samym roku wystąpił o otrzymanie oficjalnej licencji na destylację whisky.
W 1825 roku destylarnia przeszła w ręce Jamesa Muttera będącego właścicielem fermy hodowlanej na Islay. Co ciekawe Mutter poza działalnością hodowlaną, pełnił także funkcję konsula Portugalii, Brazylii i Imperium Otomańskiego w Glasgow. Pod rządami nowego właściciela zakład znacznie się rozwinął. Wpływ na to miało między innymi użycie własnych parowców do sprowadzania węgla i jęczmienia na wyspę oraz wykorzystania ich do wywożenia wyprodukowanej w zakładzie whisky z wyspy.
Rodzina Mutterów prowadziła Bowmore do 1892 roku, kiedy to sprzedała zakład grupie biznesmenów z Londynu, którzy utworzyli spółkę działającą pod szyldem Bowmore Distillery Co. W jej posiadaniu byli do 1925 roku, kiedy to zakład przejęła firma J.B. Sherriff (Sherriff’s Bowmore Distillery).
W czasie drugiej wojny światowej zakład Bowmore wstrzymał działalność, a budynki gorzelni przejęto na cele militarne – wykorzystano je jako bazę dowództwa obrony wybrzeża. Miasto Bowmore było siedzibą Royal Air Force (w skrócie RAF) – Sił Lotniczych Wielkiej Brytanii oraz Royal Canadian Air Force (w skrócie RCAF) – Królewskich Kanadyjskich Sił Lotniczych. To stąd startowały alianckie samoloty lokalizujące niemieckie łodzie podwodne na Atlantyku, a także te ochraniające konwoje handlowe.
Po wojnie, od 1950 roku, zakładem zarządzała firma William Grigor & Sons Ltd.
Kolejna zmiana właścicieli nastąpiła w 1963 roku. Zakład za kwotę 117 tys. funtów stał się własnością Stanleya P. Morrisona. Morrison, przeprowadził gruntowną przebudowę destylarni przywracając jej dawną świetność. Jedyny ważny element zakładów, który pozostał nietknięty to używane do dnia dzisiejszego trzy podłogi do słodowania jęczmienia.
W 1979 r. założono w Bowmore Visitor Center, które odnowiono w 2006 r. Dzięki renowacji centrum stało się najnowocześniejszym wśród destylarni na Islay i jest jednym z najchętniej odwiedzanych.
Stanleya P. Morrisona, związany był z japońskim koncernem Suntory, który w 1989 roku początkowo wykupił 35% akcji firmy Bowmore, by już kilka lat później, w 1994 roku, przejąć pozostały pakiet akcji wraz z dwoma innymi gorzelniami (Auchentoshan i Glen Garioch). W efekcie tego przejęcia Japończycy wykorzystywali Bowmore do zestawiania swoich blendów, a także otworzyli w Japonii sieć barów, w których oferowano wyłącznie whisky produkowaną w Bowmore. Bary te nazwano „Bowmore Malt Houses”. Nowy właściciel postanowił także znacznie rozszerzyć portfolio oferowanych produktów.
Bowmore to jedna z nielicznych destylarni w Szkocji, która nadal używa w procesie produkcji słodu produkowanego we własnym zakresie. Destylarnia stosuje także własny torf, co ma wielki wpływ na jej późniejszy bardzo dymny, torfowy charakter. Duże znaczenie na smak i aromat whisky Bowmore ma także woda wykorzystywana do produkcji. Pochodzi ona z rzeki Laggan, która przepływa przez rozległe torfowiska oraz tereny porośnięte paprociami i mchem, nasiąkając tym samym torfowym smakiem i aromatem.
Ciekawostką jest także fakt, iż część magazynów gorzelni znajduje się poniżej poziomu morza, ale jest to tylko fragment magazynu numer 1, gdzie dojrzewały/dojrzewają tylko najbardziej ekskluzywne trunki, takie jak Black Bowmore czy 40-letnie destylaty.
Obecnie zakład Bowmore do produkcji używa czterech alembików (2 wash stills, 2 spirit stills) zainstalowanych tu w 1964 roku podczas modernizacji zakładu przez Stanleya P. Morrisona. Proces fermentacji prowadzony jest w sześciu, wykonanych z sosny oregońskiej, kadziach fermentacyjnych (washbacks), ustawionych w jednej linii. Każda z nich nazwana jest imieniem jednego z byłych właścicieli Bowmore, począwszy od Simpsona poprzez Muttera a skończywszy na obecnym Morrisonie. Roczna produkcja wynosi około 2 mln litrów rocznie i niemalże cała przeznaczana jest na wersję single malt.
Nazwa Bowmore (tłumaczone z gealicyjskiego na angielski jako Big Reef – Wielka Rafa), którą nosi zarówno destylarnia jak i miejscowość, podobno pochodzi od nieprzyjaznych brzegów zatoki Loch Indaal, które w ciągu setek lat stały się cmentarzem dla niejednego statku.
