Destylarnia Glengoyne została założona najprawdopodobniej na przełomie XVIII i XIX wieku jako Glenguin. Oficjalną licencję uzyskała jednak dopiero w 1833 roku, kiedy to została zarejestrowana przez Archibalda McLellana jako Burnfoot Distillery.
W 1876 roku gorzelnia przeszła na własność Lang Brothers LTD, która z czasem stała się aktywami Edrington Group. Zmiana właściciela spowodowała powrót do wcześniejszej nazwy Glenguin, która z kolei przetrwała zaledwie do roku 1905, kiedy to po raz pierwszy pojawiła się dzisiejsza nazwa Glengoyne.
Kolejną istotną datą w historii destylarni było jej przejęcie przez Ian Macleod Distillers Ltd. w kwietniu 2003 roku. Dzięki ambitnym planom nowych właścicieli gorzelnia już w ciągu zaledwie pierwszych dwóch lat podwoiła swoją produkcję.
Niezwykłą ciekawostką jest to, że przez destylarnię Glengoyne przebiega linia oddzielająca regiony Lowlands i Highlands. I tak część destylacyjna znajduje się na terenie tego drugiego, a część magazynowa na terenie tego pierwszego.
Głównie ze względu na fakt, że gorzelnia czerpie wodę ze źródła zlokalizowanego w Highlands klasyfikowana jest jako whisky właśnie z tego regionu. Niemniej jednak jest to bardzo umowna kwalifikacja, ponieważ jej łagodny i lekko owocowy charakter smaku i bukietu bliższy jest maltom z rejonu Lowlands. Także geograficznie bliżej z Glengoyne do Lowlands niż do jakiejkolwiek innej destylarni z Highlands. Co więcej, podobnie jak inna najbardziej znana destylarnia z południa Szkocji – Auchentoshan, w gorzelni Glengoyne także nie używa się dymu torfowego podczas suszenia słodu. Według tutejszego mistrza destylacji zabija on subtelne smaki zawarte w ziarnach jęczmienia. A warto w tym miejscu dodać, że gorzelnia stosuje jedną z ich najdroższych odmian — Golden Promise.