Gorzelnię Glenrothes zbudowało małe konsorcjum złożone z biznesmenów działających pod przewodnictwem ówczesnego właściciela gorzelni Macallan, Jamesa Stewarta. Stewart nie był w stanie sam udźwignąć finansowej strony przedsięwzięcia, założył więc spółkę z dyrektorami oddziału Banku Kaledońskiego w Rothes. Wcześniejsza rozbudowa Macallana przyniosła planowany zysk i inwestorzy spodziewali się podobnego z działalności nowego zakładu.
Jednak latem 1878 roku Bank Kaledoński znalazł się na granicy bankructwa, co postawiło partnerów Stewarta w niekorzystnej sytuacji. Byli oni oczywiście jego akcjonariuszami, co gorsze, śledztwo wykazało przekroczenie rachunku bankowego przy finansowaniu wspomnianych inwestycji.
Konsorcjum się rozpadło. James Stewart skoncentrował swą energię na Macallanie, natomiast bankierzy założyli nową spółkę, Willam Grant&Co. (mimo zbieżności nazwisk, spółka ta nie miała nic wspólnego z założycielem Glenfiddicha, Williamem Grantem), która miała czuwać na ukończeniem prac w Glenrothes. W wyniku wspomnianych problemów zbudowano znacznie mniejszą gorzelnię, niż przewidywały pierwotne plany, a właściciele zmuszeni byli pożyczyć następnych 7 tys. funtów od prywatnych właścicieli. Mimo wszystkich przeszkód destylacja ruszyła w maju 1879 roku.
Właściciele Glenrothes w obawie przed całkowitym bankructwem postanowili dokonać fuzji biznesowej z The Islay Distillery Company, właścicielami gorzelni Bunnahabhain i w 1887 roku powstało The Highland Distillers Company. W krótkim czasie, również dzięki współpracy z firmą agencyjną Robertson & Baxter Group, Glenrothes bardzo szybko stał się jedną z najpopularniejszych whisky używanych do zestawianie blendów (m.in Famous Grouse i Cutty Sark).
Dnia 15 maja 1922 roku zakład doświadczył jednej z największych strat w historii szkockiego gorzelnictwa. W skutek pożaru spłonął jeden z magazynów, w którym dojrzewało ok. 2,5 tys. beczek (800 tys. litrów) destylatów.
W 1963 zwiększono liczbę alembików z 4 do 6, a w ciągu następnych 26 lat liczba ta wzrosła do 10.
Pod koniec lat osiemdziesiątych whisky Glenrothes została po raz pierwszy wypuszczona w wersji single malt (12-letniej), która jednak nie osiągnęła zbytniej popularności i po kilku latach została wycofana z rynku. W 1993 roku zastąpiła ją pierwsza wersja rocznikowa z kolekcji vintage, która spowodowała wzrost sprzedaży aż o 400%.
W 1999 roku Wm Grant & Sons wraz z The Edrington Group wykupili The Highland Distillers Co. i Glenrothes przeszła pod zarząd nowej formacji. Nosi ona nazwę The 1887 Company Ltd, Edrington Group posiada w niej 70% udziałów, a Wm Grant 30%.
W 2010 prawa do marki Glenrothes (bez destylarni) nabyła londyńska firma Berry Bros & Rudd (znana głównie z obrotu win), która przez długie dziesięciolecia posiadała prawa do jej dystrybucji. Ciekawostkę stanowi fakt, że w ramach tej transakcji nowym właścicielem aktywów marki Cutty Sark, która wcześniej w 50% należała do Berry Bros & Rudd, została spółka The 1887 Company Ltd.
W 2017 roku Edrington odkupił markę Glenrothes od Berry Bros., aby przyspieszyć w ten sposób jej rozwój na rynkach międzynarodowych.
Zakład Glenrothes jest to jedna z większych gorzelni słodowych w Szkocji, posiada pięć par alembików, a jej roczny potencjał produkcyjny wynosi około 5,2 miliona litrów alkoholu. Mimo to whisky Glenrothes butelkowana jest w niewielkich ilościach zarówno przez producenta, jak i niezależnych dystrybutorów, a większość destylatów wykorzystywana jest do zestawiania blended scotch whisky.
