Destylarnia Balvenie powstała w 1892 roku, kiedy to postanowiono przerobić XVIII-sto wieczną posiadłość zwaną “Balvenie New House” na destylarnię. Piwnice zamieniono na magazyny, w których miała dojrzewać whisky, parter przeznaczono na słodownię, a kolejne piętra służyły do przechowywania ziarna. Transformację ukończono w piętnaście miesięcy, a nowa gorzelnia została wyposażona w używaną aparaturę destylacyjną pochodzącą z obiektów Lagavulin i Glen Albyn. Założycielem Balvenie był William Grant, który kilka lat wcześniej rozpoczął produkcję whisky Glenfiddich.
W zamierzeniach Granta nowa destylarnia, mimo iż podobnie jak gorzelnia Glenfiddich zaopatrywała się w wodę ze strumienia Robbie Dubh Burn na wzgórzach Cornval oraz pozyskiwała jęczmień z tych samych pól, miała wytwarzać whisky o zupełnie odmiennym charakterze i smaku. Aby ten cel osiągnąć, stosowano alembiki, o zdecydowanie dłuższych szyjkach, a także wykorzystywano proporcjonalnie większą liczbę beczek po sherry.
W latach 20. posiadłość Balvenie została całkowicie przebudowana. Powstały kamienne słodownie i suszarnie, założono światło elektryczne. W latach 1957, 1965 i 1971 stopniowo zwiększano liczbę alembików, których liczba ostatecznie sięgnęła 8 (obecnie destylarnia posiada ich aż 11, o łącznej mocy produkcyjnej sięgającej 7 milinów litrów rocznie).
Aż do roku 1973, w którym światło dzienne ujrzał pierwszy dostępny na szerszą skalę single malt z zakładu Balvenie, destylaty z tej gorzelni były wykorzystywane jedynie do zestawianie blendów, w tym przede wszystkim blendu Grant’s.
W 1993 roku, zmieniono wygląd butelek, które swoim kształtem imitują nieco kształt alembiku do destylacji whisky. W tym roku wypuszczona została także whisky single malt poddana finiszowaniu w beczce z innego drewna niż beczka w której odbywała się maturacja podstawowa. Tzw. maturacja doublewood, był w tym czasie nowością na rynku.
Do chwili obecnej Balvenie pozostaje w rękach rodziny założycielskiej. Jako jedna z niewielu gorzelni nadal, częściowo, sama produkuje słód, uprawia i stosuje własny jęczmień (pochodzący z farmy Balvenie Mains), a także we własnym zakresie sezonuje wydobyty na miejscu torf. Dumą destylarni Balvenie są dziś także wykwalifikowani rzemieślnicy. Wszystkie beczki są bowiem przygotowywane ręcznie przez bednarzy, a nad służącymi do destylacji alembikami czuwają doświadczeni kotlarze, przy czym profesje te nierzadko przechodzą z ojca na syna.
